《私下輔導by年下》講述了一個充滿青春氣息與成長煩惱的校園故事。故事的女主角林依，是一位性格內向但聰明伶俐的高三學生。她在學習上一直名列前茅，但由于性格的原因，對同學的社交活動缺乏熱情。這樣安靜的生活直到她遇見了年下的男主角陳軒，才開始發生了微妙的變化。
陳軒是一名愛打球、陽光開朗的男孩，年紀雖小，但性格成熟。他和林依是同班同學，但一直沒有太多交集。直到一次偶然的機會，林依因數學成績不佳而請教陳軒。陳軒樂于助人，毫不猶豫地答應了她的請求。兩人的關系從此拉近，開始了一段私下輔導的時光。
起初，林依只把陳軒當作學業上的支持者，但隨著時間推移，她發現陳軒的陪伴讓她感到無比放松。課后的輔導中，兩人從數學題目逐漸聊到了更多話題。他們分享各自的興趣，講述生活中的點滴，鏈接起了彼此的心。陳軒的幽默與溫暖，讓林依在沉悶的學習生活中，感受到了一絲甜蜜的輕快。
然而，隨著兩人關系的發展，林依開始意識到自己對陳軒的感情并不僅僅是朋友之間的簡單互動。她心中的感情如潮水般涌動，既甜蜜又苦澀。她不知道該如何面對這份情感，生怕影響到兩人現在的友誼。而陳軒也似乎察覺到了林依的變化，卻并沒有過多表露。得知林依在學業上的壓力，陳軒更是暗暗發誓要幫助她，讓她在即將到來的高考中取得好成績。
就在此時，校園里開始流傳關于他們關系的各種流言蜚語。有同學好奇地圍在一起議論，林依面臨著巨大的壓力。她不再只是一名安靜的學霸，身為“陳軒學弟的輔導對象”，無形中成了眾人的焦點。對于這種突如其來的注意，林依感到困惑與不安。她希望能有一個安靜的空間去思考自己的感情，但無論如何，她和陳軒的關系已經被外界改變了。
某天，林依無法忍受這種壓力，選擇暫時避開陳軒，減少了兩人的接觸。這個決定令她備感痛苦，她發現自己早已無法掩飾對他的依賴和喜愛。陳軒察覺到林依的改變，心中隱隱也有了不安。他不知道是否自己做錯了什么，或者是該如何挽回這個漸行漸遠的距離。兩人之間的氣氛越來越微妙，林依的內心矛盾如繩索般緊繃。
在期中考試前夕，陳軒決定主動出擊，嘗試打破兩人之間的冷淡。他組織了一次小組復習，邀請林依參加，希望能重新拉近彼此的距離。林依帶著忐忑的心情來到復習會，帶著心中的復雜情感。可會議上，其他同學的嬉鬧聲并沒有如她所愿驅散那些負擔，反而讓她更加懷念與陳軒單獨相處的時光。
終于，在一個清晨，林依鼓起勇氣，決定向陳軒坦白自己的感情。當她鼓起勇氣，站在陳軒面前時，心中既期待又害怕。她的聲音顫抖，生怕一開口便將這份珍貴的友誼毀于一旦。陳軒聽完后，愣住了，他也暗自喜歡著林依，但未曾勇敢表露。兩人在那一刻相視而笑，終于打破了彼此的心結。在溫暖的陽光下，他們相約一起面對未來的挑戰。
在接下來的日子里，林依與陳軒攜手并肩，共同克服了高考的壓力。他們的感情在不斷的相處中愈發堅定。最終，為了實現各自的夢想，他們分別報考了不同的大學。雖然未來依舊充滿未知，但林依與陳軒相信，彼此的心始終相連，攜手共度每一個艱難時刻。無論未來的道路如何曲折，他們都將銘記這段寶貴的青春歲月，在心中留存一份溫暖與勇敢。