在一個充滿生機與色彩的動物城市——瘋狂動物城，一切都在以一種令人興奮的方式進行著。這里的動物不分大小、形態，各種各樣的種類都和諧共處。小兔子朱迪·霍普斯與聰明的狐貍尼克·懷爾德無疑成為了這座城市的明星。經過一系列的冒險，他們不僅解開了一樁重大案件，還從最初的誤解變成了生死之交。
時光飛逝，瘋狂動物城的日常生活依舊忙碌而快樂。朱迪和尼克成立了自己的偵探事務所，專門為動物們解決各種煩惱。盡管偶爾會遇到一些小挑戰，但他們總能齊心協力，化險為夷。可是，隨著時間的推移，城市里也開始出現了一些奇怪的現象。動物們的行為變得越來越古怪，甚至有些動物在人群中失蹤。
有一天，朱迪收到了一個神秘的求助信，信的內容顯示有一只小動物在公園消失了，而發信人懇求立即前來調查。書信的最后寫著：“我相信只有你們能找到它！”朱迪看著尼克，眼里閃過一絲擔憂與好奇：“我們必須去看看，這是一個需要我們的任務。”
他們迅速動身，來到了那個小動物最后被看到的公園。公園里，很快圍滿了焦慮的動物們。朱迪和尼克用他們的偵探技巧開始詢問目擊者。經過一番詢問，他們得知小動物并非第一次消失，此前還有其他幾只小動物也曾離奇消失。這讓兩位偵探更加重視這個案件。
在深入調查后，朱迪和尼克發現這些失蹤的動物都在公園里玩耍時曾經見到一個可疑的身影。這個身影是一個身披黑斗篷的神秘動物，總在夜晚活動，似乎在執行某種計劃。朱迪和尼克決定在公園的夜晚守株待兔，試圖抓住這個可疑的家伙。
夜幕降臨，公園靜悄悄的，只有偶爾的風聲與樹葉的沙沙聲。朱迪和尼克藏身于灌木叢中，耐心地等待著。就在他們快要放棄的時候，忽然有人影閃過！黑斗篷的身影果然出現了，似乎在尋找什么。朱迪和尼克仔細觀察，決定追蹤這名神秘的動物。
他們悄悄跟隨著他，發現他進入了一處隱蔽的小巷。朱迪和尼克對視了一眼，心知這或許就是解開失蹤案件的關鍵。他們在暗處觀察，看到那只動物在墻邊打開了一個地下入口，神秘的氣息從中散發出來。他們沒法抑制內心的好奇，決定跟進去一探究竟。
地下通道昏暗潮濕，四周充滿了神秘的氣息，朱迪心里暗自擔憂：“我們要小心，有些事情并不像它看上去那么簡單。”尼克點了點頭，他們繼續深入，直到聽見前方傳來的低語聲。一個幾只小動物圍在一起，正被那只黑斗篷的動物圍著，緊張氣氛彌漫在空氣中。
朱迪和尼克悄悄靠近，聽到了那只黑斗篷動物的聲音：“只要你們聽我的話，就能獲得新身份，能夠在瘋狂動物城的每一個角落自由行走，再也不用害怕被人看不起。”這番話讓他們恍若置身于一場夢境中，難道這是理由嗎？小動物們正在被神秘力量所控制。
朱迪和尼克不再猶豫，趕緊沖了出去。朱迪大聲喊道：“住手！你在做什么！”黑斗篷動物被嚇了一跳，迅速轉過身，正是之前失蹤動物的白狼，名叫洛克，曾經在動物城中受盡歧視，因而對其他動物產生了強烈的敵對情緒。
經過一番口舌之爭，洛克最終坦白了他的計劃。他想要通過操控這些小動物來實現自己的理想與掌控，渴望改變動物城里對弱小動物的偏見。朱迪試圖說服他：“你并不需要這樣做，暴力與操控無法解決問題，我們可以一起努力，改變大家的想法。”
最終，經過朱迪與尼克的耐心交流，洛克釋懷了他心中的仇恨，意識到了團結的重要性。朱迪與尼克幫助他重建自信，并建議他利用自己的特長，幫助那些和他有相同經歷的動物們。慢慢地，洛克開始接受周圍的動物，成為了他們新的支持者。
案件告破，失蹤的動物們也在洛克的改變中得到了解救。瘋狂動物城的每個角落重新充滿了笑聲與歡聲，朱迪與尼克也感受到了一種從未有過的成就感。這一切都讓他們更加堅定了自己的選擇，繼續他們的偵探之路，樂于助人，擁抱每一個奇妙的故事。
原本的故事并不是結束，而是一個新的開始。在這座動物城市中，友情、勇氣與愛依舊是最珍貴的財富，他們將繼續為這座城市守護和平與快樂。