《沈教授請你矜持》講述了一個圍繞愛情、職場與個人成長的故事。故事的主線圍繞著女主角林依，這是一位年紀輕輕卻才華橫溢的研究生，追求夢想的同時也面臨著復雜的人際關系和情感糾葛。
林依在一所著名高校攻讀生物醫學的碩士學位，心中懷揣著對科學的熱愛和對未來的憧憬。她的導師是學術界的翹楚沈教授，嚴謹而冷酷的外表下隱藏著溫暖的內心。他不僅在學術上對林依給予了極大的幫助，也在生活中成為了她的引路人。然而，隨著接觸的增多，林依漸漸對沈教授產生了超越師生關系的情感，這讓她感到困惑又羞愧。
故事的開篇，林依在一次重要的學術會議上發表了自己的研究成果，得到了與會專家的贊賞，尤其是沈教授的稱贊更是讓她倍感驕傲。然而，這份驕傲并沒有持續太久。林依發現自己對于沈教授的關注，已不再僅僅是崇敬，而是深深的吸引。她開始在夜深人靜時想起沈教授的微笑與神情，這種情感在她的心中蔓延，令她無比矛盾。
在與沈教授頻繁的學術交流中，林依逐漸了解到他的過往。沈教授曾經歷過一段失敗的婚姻，這段感情的陰影讓他對親密關系產生了深深的恐懼。他對待林依的態度雖然和藹，但始終保持著一份距離。林依試圖克制自己的情感，但每次看到沈教授專注工作的樣子時，心中那份悸動又不斷涌現。
與此同時，林依的同學小芳也對沈教授心存仰慕，常常在她面前提起沈教授的種種優點，甚至主動接近他。小芳的閨蜜意識到后，便開始挑撥二人的關系，鼓勵小芳向沈教授表達自己的好感。林依心中暗自焦慮，雖然明知小芳對沈教授的愛慕或許不是真正的情感，卻害怕失去與沈教授之間那份難能可貴的師生關系。
故事的發展中，林依開始向沈教授請教自己的研究課題，兩人逐漸建立起一種愉快的合作關系。經過一次次的討論與實驗，林依的研究逐漸趨于成熟，這期間，她也越來越依賴沈教授的陪伴與指導。一次深夜的實驗，林依不小心受到小傷，沈教授如影隨形地趕來為她處理傷口，那一刻，林依的心如鹿撞。
然而，沈教授卻在處理完傷口后，態度忽然變得疏冷。他讓林依更加專注于學業，并提醒她要保持師生間的界限。這一番話，讓林依心如刀割，她暗自決心，在學業上要愈加努力，希望借此贏得沈教授的認可和關注。
隨著學期的深入，林依漸漸明白自己的情感并非一時的沖動，而是對生活中孤獨感的逃避。她開始尋求幫助，向朋友們傾訴心中的煩惱，好友們鼓勵她勇敢追求自己的幸福，同時也提醒她要理性思考師生關系的復雜性。
在一次宴會上，眾人聚集，林依鼓起勇氣向沈教授表達了自己的感慨，但沈教授卻在眾人面前表明了兩者之間應保持的距離。在旁的同學不禁竊竊私語，小芳面色復雜。林依雖然感到羞恥，但心中卻暗暗下定決心要超越這段感情，揮別那些不切實際的念想。
隨著時間的推移，林依在學術上取得了越來越大的進展，沈教授也逐漸意識到林依的優秀與獨立。一次次的學術討論與合作，使兩人的關系在不知不覺中悄然改變，沈教授開始將林依視為平等的學術伙伴，二人的心靈碰撞激發出全新的火花。
最終，經過一段長時間的思考與成長，沈教授開始打破彼此心中的那道無形的界限。在一次夏日的學術聚會上，沈教授意外邀請林依共進晚餐，兩人終于在校園的寧靜角落里聊起了生活與夢想，心靈的距離在那一刻悄然拉近。
林依明白，這段感情雖然經歷了很多波折，但她在迷惘與追尋中成長，沈教授也從困擾中走出。兩人之間的關系，最終從師生變為了志同道合的伴侶，攜手走進了人生的新篇章。每一步的堅持與智慧，都為他們的情感打開了新的局面。
結尾，林依站在校園的高處，望著夕陽映照下的學府，心中滿是希望與堅定。唯有珍惜現有，才能迎接真正屬于他們的未來。