在一個陽光明媚的春日早晨，瑪麗·哈福德穿過一片盛開的野花地，感受到一陣春風輕拂臉龐。這是她第一次來到她舅舅的莊園，她充滿了好奇。從她的家鄉到達這里的旅程并不輕松，然而當她看到那些古老的房屋和郁郁蔥蔥的園林，她覺得一切都值得了。
瑪麗是一個孤獨的女孩，她的父母早早去世，她傾向于沉浸在自己的世界中。盡管身邊有許多朋友，但黑暗的家世讓她始終無法與他人建立深厚的聯系。在這片陌生的土地上，她期待著什么新的發現。
一開始，瑪麗對莊園的生活感到無比無聊。她的舅舅很忙，常常外出，照顧她的只是一個年邁的仆人。她常常游蕩在莊園的各個角落，探尋著。就在一個意外的機會中，她發現了一個被藤蔓覆蓋的小門，門后有一片神秘的花園，似乎被遺忘了多年。
小門上銹跡斑斑，上面的鎖已經生銹，似乎有很長一段時間未曾打開。瑪麗心中充滿了好奇，她掙扎了一下，終于把鎖打開了。門吱吱作響地打開了，她走進了這個被時間遺忘的秘密大花園。
這是一片充滿生機的空間。盡管許多植物都顯得雜亂無章，地面卻覆蓋著五顏六色的野花，散發著淡淡的香氣。瑪麗感到一種久違的快樂，她帶著興奮與好奇，開始在這片花園中探險。她輕輕觸摸那些蔓藤，感受大自然的脈動。
隨著時間的推移，瑪麗對這個花園的愛意與日俱增。她開始定期來此，耐心地照料那些植物，試圖將它們恢復制成昔日的美麗。她發現花園里還有許多生命在悄然流動。一次偶然的機會，她發現了一只受傷的小鳥，將其小心翼翼地帶回了花園，悉心照料。
就在這時，她遇到了另一個孩子，名叫迪克。在一次玩耍中，瑪麗和迪克建立了友誼。他們一起在大花園中玩耍，嬉戲，分享彼此的秘密。迪克來自附近的一個村莊，他的家庭雖然簡單，卻充滿了溫馨與快樂。他的快樂感染了瑪麗，使得她漸漸敞開了心扉，學會了如何去關心與愛。兩個孩子在花園中度過了無數個美好的時光，他們一起種花、追逐蝴蝶，感受大自然的魅力。
然而，瑪麗卻不知道，迪克還有一個重要的秘密。他的哥哥，科林，常年臥病在床，幾乎無法走動。他們的父母始終無法給他足夠的關愛與陪伴，這讓迪克十分憂慮。可迪克從未向瑪麗提及此事，他一直相信有一天，科林會在他們共同的秘密花園中找到希望。
瑪麗和迪克決定把科林也帶到這個秘密的地方。他們用心準備了一切，希望能夠讓科林感受到生活的美好。在他們的努力下，科林終于第一次走出房間，來到那個孕育生命的花園。盡管他起初顯得有些不安，但花園中那些明媚的色彩與絢麗的生命，逐漸喚醒了他對世界的好奇。
在花園的陪伴下，科林的身體逐漸恢復，他開始慢慢學會走路，甚至能夠在花園中跑跳。瑪麗、迪克與科林三人的感情愈加深厚，他們一起創造了屬于他們的快樂時光。
這段友誼讓瑪麗學會了關心他人，溫暖與希望凝聚的地方改變了她內心的孤獨。瑪麗明白，愛與分享是生活最寶貴的財富。曾經的她只是一個孤獨的小女孩，而如今的她在大花園的陪伴下找到了真正的朋友與快樂。
然而，生活里的艱難與考驗也隨之而來。有一天，瑪麗接到了她舅舅的消息，要將她帶回家。這讓她倍感不安，她不想放棄這個美麗而充實的花園與這段珍貴的友誼。瑪麗與迪克和科林一起，發誓在分別之前要讓花園煥發出新的光彩。
在離別的前夕，他們一起努力地修復花園，種下了許多新的花卉，希望能在這片土地上留下一份永恒的記憶。在那個充滿愛的日子里，他們用盡全力享受著最后的美好瞬間。
離別時，瑪麗淚流滿面，她明白自己在這個花園中不僅收獲了友誼，更體會到了珍貴的愛與生命的真諦。她承諾無論走到哪里，都會記得這段時光，永遠帶著花園的芬芳與溫暖。
瑪麗離開后，這片被遺忘的花園依然散發著生機。迪克和科林繼續在這里茁壯成長，他們的友情在花園里綻放出新的希望。瑪麗雖然走了，但她的心永遠與這片土地相連。在歲月的洗禮中，他們的友誼與大花園一樣，不斷綻放，滋潤著彼此的生命。