《回到晚清的特種狙擊手》講述的是一個現代特種兵意外穿越到晚清時期的故事。主角張云飛，作為特種部隊的一名狙擊手，在一場執行任務中被不明力量吸入了時間的漩渦，來到了清朝末年。
張云飛醒來時，發現自己身處一片陌生的街道，周圍是古老的青石板路和穿著古裝的人們。他心中一驚，努力回想著剛才的情景，意識到自己已經穿越時空，回到了一百多年前的清朝。盡管感到不安，但作為特種兵的訓練讓他迅速調整了心態，決定利用這一優勢生存下去。
初到晚清，張云飛被一伙流氓圍攻。他憑借一身的格斗技巧輕易打敗了對手，引起了路人的注意。一個名叫李明德的青年看到了這一幕，對他的武藝十分佩服，于是主動上前搭訕。經過一番寒暄，張云飛與李明德成為了朋友，李明德邀請他去自己家中作客。
李家是一戶書香世家，李明德的父親李老爺子是一位有名的地方士紳，平日里頗受尊重。李老爺子對張云飛的身手產生了濃厚的興趣，便請他教自己和兒子一些武藝。張云飛心中默念，自己的狙擊技術沒法傳授，但近身格斗和戰術戰法倒是可以。于是，他在李家開始傳授格斗技巧，逐漸贏得了他們的信任。
日子一天天過去，張云飛通過李家的關系逐步融入了晚清社會，他也開始關注這個時代的一些動蕩局勢。晚清時期，朝廷腐敗，內憂外患，滿清皇朝搖搖欲墜，各地義軍起義不斷。張云飛意識到，自己不僅僅是一個簡單的狙擊手，還可能成為改變歷史的關鍵。
某天，張云飛得知附近發生了一場義軍起義，起義軍意圖攻入縣城，李老爺子作為士紳被卷入其中。他決定不能袖手旁觀，便動身前往現場。在義軍攻城的過程中，他用自己現代化的作戰思維和狙擊技術，成功創建了一個臨時狙擊點，精準地擊退了敵人的幾次突襲。
然而，張云飛知道，這場戰斗只是小打小鬧，真正的戰爭即將來臨。南方的太平天國運動勢力漸強，北方則有自強派與滿清之間的暗潮洶涌。為了保住李家的安危，張云飛決定策劃一次針對外敵的行動。
他找到李明德，耐心講述了自己的見解，李明德雖然初時不太相信，但隨著戰局的發展，漸漸被張云飛的遠見所折服。于是在張云飛的計劃下，他們開始招募志同道合的年輕人，組建一支義勇軍，戰斗街頭的流氓和糾纏不清的官府勢力。
張云飛不僅傳授戰術，還把自己的一些現代知識，如火藥的使用、通信的技巧等，全盤分享。這些先進的思想與理念，讓他們的義軍逐漸形成了一支有組織、有紀律的力量。
經歷了幾次戰斗后，張云飛的名聲在地方上逐漸傳開，大家稱他為“戰神”。而他的身手也吸引了一些激進分子，試圖拉攏他建立更大的勢力。張云飛對這些低級的政治算計并不感興趣，他只想保護李家和這個他剛剛接觸的時代。
不久后，清軍和義軍之間展開了一場大規模戰役。張云飛利用駕駛的車輛，施展了現代的戰術，奇襲敵軍指揮部。他與李明德并肩作戰，經過一番緊張的斗爭，終于成功擊退了敵人，保護了城市的安危。
勝利讓張云飛在義軍中名聲更大，但他內心卻感受到了一絲憂慮。他知道這樣的勝利只能暫時，清朝的腐朽無法一朝一夕改變，未來的路依然艱辛。于是，他開始著手更大范圍的計劃，希望能長期改變這個時代的命運。
在這個過程中，張云飛逐漸意識到，穿越不僅是時間和空間的錯位，更是責任的轉移。他要守護的不僅是一個家庭，而是一個時代的希望。于是，他漸漸放下了回歸現代的念頭，決定扎根于這片土地，成為這個時代真正的戰士。
張云飛的故事激勵著身邊的每一個人，大家在他的鼓舞下逐漸成長，義勇軍也逐漸壯大，成為了晚清動蕩歲月中的一支不可小覷的力量。雖然知道前路艱難，但張云飛與李明德以及他們的戰友們相信，只要心中有夢，共同努力，就一定能迎來這個國家更光明的未來。