在那遙遠的神魔時代，天界與地界之間的隙縫中，夾雜著人間的紛擾與命運的交織。《三生三世菩提劫》便是在這錯綜復雜的背景下，講述了一段跨越時空的愛情故事。
故事的主角是白鳳九，一個天界的狐族女子。她聰慧而美麗，性格活潑，因其出眾的外表與靈動的性情，常常吸引眾多追求者的目光。然而，白鳳九心中卻藏著一個秘密，那就是她對一個來自地界的男子，夜華的深情厚誼。夜華是一個英俊而沉穩的神君，擁有強大的法力與極高的地位，但他心中始終有一個無形的枷鎖，那便是對過往因緣的執念。
故事開始于一次偶然的邂逅，白鳳九在一次天界的慶典上，誤闖入了夜華的視線。她被他那如同星辰般深邃的眼眸所吸引，不由自主地想要靠近。而夜華則被她那份純真與活力所打動，心中悄然滋生出一塊柔軟。兩人的命運，就此交織在了一起。
然而，命運總是讓人感到無奈。隨著時間的推移，白鳳九意識到夜華身上籠罩著一層厚重的陰影，他的身世與所背負的責任成為了他們之間不可逾越的鴻溝。夜華早已發誓不再愛人，因為他的心中始終無法釋懷那個在戰亂中喪生的女子。他宛如一座高冷的冰山，盡管內心滾燙，卻無法給白鳳九溫暖。
盡管如此，白鳳九并沒有放棄，她決心用自己的真心去打破夜華心中的堅冰。為了能更接近他，她不斷制造機會與夜華相處。一次次的相聚中，她用細膩與熱情慢慢融化了夜華那顆封閉的心。然而，夜華的過去總是像幽靈般出現，讓他倍感困擾。他暗暗告誡自己不能愛上白鳳九，因為她是光明的，而他是深淵。
就在兩人之間的感情逐漸升溫之際，天界與地界之間的戰爭逐漸升級。夜華作為天界的一員，肩負著捍衛家園的責任，他不得不在白鳳九與敵人之間做出選擇。在戰斗中，夜華逐漸被卷入了過去的陰影，他的心靈再一次被撕扯。白鳳九看在眼里，心痛如絞，無法忍受自己心愛之人承受如此重負。
她決定前往地界，尋找能夠解開夜華心中枷鎖的辦法。在地界，白鳳九遇到了形形色色的人，有古老的妖怪，也有執著的靈魂，她逐漸明白，夜華的痛苦不僅僅源于過去的記憶，更是對自身存在的困惑。經過一番波折，白鳳九終于找到了傳說中的菩提樹。那是一棵看似平常卻擁有無窮智慧的古樹，傳說中它能幫助迷失者找到心靈的歸宿。
當白鳳九將夜華的痛苦訴說給菩提樹時，樹下幽靜的環境頓時被一股神秘的力量包圍。菩提樹用低沉而溫柔的聲音告誡她：“每個人的命運都是自己所選擇的，鐘情于愛，也要舍得放手。”白鳳九明白，只有讓夜華面對自己的過去，才能夠幫助他走出陰影。
帶著菩提樹的啟示，白鳳九回到天界，準備與夜華進行一場心靈的對話。然而，戰火已經蔓延到天界的每一個角落，夜華在戰斗中經歷了無數的磨難，身心俱疲。見面時的夜華，早已沒有了昔日的光彩，他的眼神中滿是絕望和無助。
白鳳九緊緊握住夜華的手，帶著堅定的聲音說：“不要逃避你的過去，它無法改變，但你的未來卻可以重新書寫。”她用無私的愛，對夜華訴說著心底的堅持與希望。最終，夜華終于被她的真誠打動，心中的陰霾逐漸散去。他從白鳳九的眼中看到了自己的真實，自此，決心與過去和解。
在接下來的日子里，兩人肩并肩，共同面對敵人的挑戰。夜華不再逃避，他利用自己強大的力量，帶領天界的力量，奮勇作戰。白鳳九則在他身旁，用愛和信念支撐著他。經過無數的磨難，天界的敵人終于被擊退，二人也在戰斗中找到了彼此的歸屬。
當戰火熄滅，萬物歸于寧靜時，白鳳九與夜華坐在一起，凝望著蔚藍的天空。此時此刻，兩人的心靈已經無比相通，曾經的痛苦與執念也都變成了彼此前行的動力。白鳳九輕聲道：“無論多少世，我都愿與你攜手共渡。”
夜華微微一笑，心中感動不已。他終于明白，愛并不只是占有，更重要的是理解與包容。就這樣，兩人一起走向了未來，三生三世的執念，在菩提樹下化作永恒的誓言。